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FileZillaの設定はアプリケーションからエクスポート/インポートできますがエクスポートし忘れていたのでOS丸ごとバックアップしておいたドライブから設定ファイルを丸ごとコピーしました。

場所はc:\user\***\AppData\Roaming\FileZilla。

これでサーバへの接続設定やブックマークなどの情報もきちんと復元されて動作しました。